金融專業碩士是以金融類高層次應用型專門人才為主要培養目标的碩士生項目。

2010年，教育部增設了金融碩士專業學位，學院成為國家首批招收金融碩士專業學位的培養單位之一。2015年，學院專業型碩士的招生數量超過學術型碩士，成為學院研究生教育的重要構成部分。2019年，學院啟動金融碩士外籍留學生項目。

目前，學院專業型碩士的培養方向随着中國經濟金融環境的變化進行了調整，在推出量化投資等專業課程的同時，在國内率先開設了互聯網金融概論、國際金融組織管理、金融倫理等特色課程，形成了銀行管理、量化投資與證券管理、公司金融與金融工程、國際金融組織管理和金融科技應用等五個培養方向的協同發展。課程設置主要參考了教指委關于課程體系的模塊構成體系，包括公共基礎課、專業必修課與選修課。學院依托雄厚的專業師資力量，專業碩士項目涉及的所有課程均構建了結構合理的課程組，此外，部分研究生專業課程還引入了校外實務老師或國外知名教授，實現了校内校外合作授課或聯合指導。導師制度上，金融碩士項目實行“校内+校外”的雙導師制度，校内導師主要是金融學界的精英，校外導師主要是北京地區金融業界的高管或業務骨幹。學院借助優質的教學和研究資源，打造了經濟金融名家講座、金融街論壇和雙周論壇等多個交流平台，給予學生跟進國内外金融理論和實務發展前沿的豐富機會。

學院研究生項目的人才培養質量向來受到社會的高度認可，在近年來的畢業生就業率接近100%的同時，就業質量保持了較高的水準，超過40%的畢業生就職于國有大型銀行總行、直屬機構和股份制商業銀行的總行、分行，近40%的畢業生就職于證券公司、基金公司等各類金融機構。

學院專業型碩士學制兩年，授予金融碩士學位。